Emilie Pertels sündis 27. veebruaril 1904 Narvas. Hariduselt oli ta algkooliõpetaja ning aastatel 1923-1948 töötas ta mitmes Leningradi koolis. 1948. aastal suunati ta tööle Eestisse. 1949. aastal sai Pertelsist Tallinna 2. Keskkooli esimene pikemaajalisem direktor pärast sõjasegadust, ta püsis selles ametis kuni 1953. aastani, mil uueks direktoriks sai Aleksei Tsõgankov. Emilie Pertels oli Tallinna 2. Keskkooli esimene naisdiektor.

Kuigi Pertels oli Nõukogude Liidu Kommunistliku Partei liige, oskas ta näha erinevust riigi ideoloogia ja praktilise tegevuse vahel. Ta ei kõnelnud parteipoliitikast kunagi ega ilmutanud ka mingit entusiasmi ametliku ideoloogia  propageerimiseks. Samuti polnud ta leppimatult eesti keele ja meele vastu. Tema ettepanekul näiteks hakati pidama lõpukella aktust, mis on oluline sündmus kooliaastas tänaseni.

Pärast 2. Keskkoolist lahkumist töötas Pertels Eesti NSV Haridusministeeriumis ning oli ka Tallinna 20. Keskkooli (tänane Tallinna Ühisgümnaasium) direktor. Emilie Pertels suri 10. juulil 1986 Tallinnas ning on maetud Pärnamäe kalmistule.